
Подстрекательство боярской оппозиции
Собрав там опричные войска, царь продиктовал свои условия. 11 сентября 1568 г. был казнен глава оппозиционного боярства И. П. Федоров, а митрополит Филипп сослан в тверской Отрочь монастырь и там удушен Малютой Скуратовым. Однако под напором московского посадского мира царь должен был прекратить массовый террор в столице. Он избрал своей постоянной резиденцией Александрову слободу, лишь ненадолго наезжая оттуда в Москву. Восстание 1568 г. в Москве сопровождалось волнениями в ряде северных посадов и волостей, подавленными при помощи опричных войск.
Насилия и произвол опричников, подстрекательства боярской оппозиции усиливали борьбу народных масс. Известны случаи убийства опричников, резко возросло количество массовых побегов и неуплаты налогов. Такие акции стали самыми распространенными формами социальных конфликтов.
Реванш за свое поражение в 1568 г. московские посадские люди взяли после смерти Ивана IV. В начале 1584 г. восставшие москвичи, к которым пристали находившиеся в столице рязанские служилые люди, разбили арсеналы на Красной площади и приготовились к штурму Кремля. В борьбе за власть бояре вынуждены были удовлетворить часть требований восставших, сводя одновременно счеты с опричниной. У кормила правления встали действовавшие сообща дядя царя Федора Н. Р. Захарьин и царский шурин Борис Годунов.
В апреле — мае 1586 г. в Москве кипела острая социально-политическая борьба, в которой восстания городских масс переплетались с борьбой боярских группировок за власть. В мае 1586 г. правящие верхи сидели «от мужиков» в осаде «в Кремли городе». Царю Федору с царицей Ириной в мае 1586 г. пришлось покинуть столицу. Но Годунов вышел победителем, внеся раскол в ряды своих противников. Семь зачинщиков движения из числа посадских людей были казнены. Князья Шуйские и церковные иерархи поплатились ссылкой.
Московское восстание 1586 г. отозвалось в Соль-Вычегодске убийством С. А. Строганова. В 1588 г. произошло «смятение грацких людей» в Ливнах, в 1591 г. вспыхнуло антифеодальное восстание в Угличе в связи с убийством царевича Димитрия.