Проблемы общего государственного суверенитета
Проблемы общего государственного суверенитета, подданства, замены принципа единогласия принципом простого большинства, нейтралитета во внешних конфликтах оставались нерешенными.
В XIV — XV вв. Конфедерация в целом и кантоны в частности, не порывая связей с Империей, добивались все большей автономии. Имперская реформа 1495 г. фактически возвращала Нидерланды и Швейцарский союз в состав Империи, восстанавливала имперские нормативы XIV — XV вв. Конфедерация отвергла реформу. Базельский мир 1499 г. узаконил автономию Швейцарии.
После триумфальной победы в Земпахской битве 1386 г. над войском Габсбургов военное наемничество превратилось в относительно регулируемую государством систему. Все стороны военного наемничества были систематизированы в договорах 1516 и 1525 гг. с главными вербовщиками — королями Франции. На практике процветало лихоимство, обман при расчетах с солдатами и семьями погибших.
В XIV в. началось общее наступление на права церкви, поддерживавшей Габсбургов. Церковная юрисдикция была сильно урезана «Грамотой о священниках» 1370 г. На протяжении XV в. власти кантонов установили свой патронат над многими городскими и сельскими церквами, определяли круг полномочий и обязанности священников, размеры пребенд, назначали их на должности, распоряжались церковными землями. Архиепископ Констанцский сохранил лишь функции чисто церковного надзора, ослабло влияние епископов соседних диоцезов. В Швейцарии к нача-лу XVI в. была пройдена часть пути, которую другие страны Европы проделали лишь во времена Реформации.